Em sete anos no Governo, Pedro Nuno Santos foi secretário de Estado dos Assuntos Parlamentares e ministro das Infraestruturas e da Habitação.

No primeiro cargo, teve um papel importante nas negociações com os partidos mais à esquerda do PS. A passagem pelo segundo salda-se, de acordo com o Tribunal de Contas, num balanço de execução medíocre nos programas relacionados com a habitação;